科学家本(扎克·加利费安纳基斯饰)隶属于美国政府的一个秘密部门。他通过高科技手段训练豚鼠说话和思考,把它们训练成特工。 然而,本所在的部门却面临着被联邦调查局关闭的局面。为了证明自己和豚鼠特工的能力,本命令豚鼠特工队队长山姆·洛克威尔·洛克威尔潜入赛博林工业公司首席执行官罗纳德·赛博(Ronald Cyber,比尔·奈伊)的办公室,寻找罗纳德向中东国家出售可用于军事目的的高科技芯片的证据。 达尔文没有忽视,让布拉斯(由崔西·摩根·崔西·摩根配音)、华雷斯(由佩内洛普·克鲁兹·桑切斯·佩内洛普·克鲁兹配音)、苍蝇莫奇和火花(由尼古拉斯·凯奇·尼古拉斯·凯奇配音)以及其他成员迅速行动起来。 虽然他们很小,但这群豚鼠特工有独特的技能。他们成功闯入罗纳德的办公室,下载了重要信息。 然而,这场冒险才刚刚开始…...